Ankenævnet har til opgave at behandle klager over de afgørelser, der træffes i de regionale abort- og sterilisationssamråd. Det vil sige, at har en person fået afslag fra et samråd, har vedkommende mulighed for at anke afslaget til Abortankenævnet. Samrådet sørger for at indbringe sagen for Ankenævnet.
Ankenævnet fører endvidere tilsyn med de regionale samråd.